有机肥主要原料一般是人畜粪便、植物残体等，含病菌较多，不经过发酵直接使用，养分不能被吸收，也会造成烧苗、病虫害等情况发生，同时还会释放出氨气等有害气体，会损伤植物的根系。

有机肥发酵时长需根据工艺、含水量、环境、菌种等决定，如含水量70%左右的猪粪在自然环境下发酵需1.5-3个月，采用EM菌种进行发酵只需1个月左右，采用电加热罐式发酵，并加入猪粪专用高温发酵剂，仅需1-3天左右。

有机肥在发酵过程中常容易出现升温慢、有臭气产生、发酵堆内有蚊蝇等问题。升温慢时可以加入少量秸秆、饼肥，控制水分在45-60%，使用取暖设备；有臭气产生时可以在表面撒一层过磷酸钙，提高通风透气；发酵堆内有蚊蝇时可以喷施微生物菌剂，发酵后期表面覆盖遮挡物。

有机肥氨味大可以增加搅拌次数，提高通风透气，使含氧量增加；也可以在有机肥表面洒少量水，提高水对氨的吸收；还可以在有机肥表面覆盖一层过磷酸钙，可以将氨气吸附在上面。

有机肥发酵可以在秋冬季节进行，用口径较小的塑料壶当发酵容器，沤制1年以上，能减少臭味，可以选择5升的色拉油壶或其他塑料壶，放入不超过1/2 容量的有机肥，适当加入捣碎的干橘子皮，也可以减少臭味。

有机肥能提供果树生长所需要的养分，可以促进果树根系生长，也可以提高果实的含糖量、可溶性固形物、香气、口感等品质，还可以提高果实产量，降低果树病虫害发生率，增加土壤的供氮和供磷能力。

有机肥能养花。有机肥主要是由人畜粪、植物残体等经过发酵制成，营养成分较全面，肥效高、长，在养花时使用可以将少量有机肥撒在花的周围，再用土覆盖，也可以在种植前将土壤和有机肥混合，再将花卉种入。

花盆使用有机肥可以在种植前与园土、椰土、蛭石等混合，再将花卉种入；也可以先在花盆底部铺一层土壤，再将有机肥撒入，然后在上层再覆盖一层土；还可以做追肥使用， 直接撒在花盆土壤表面。

使用前先将药剂配成母液，配药时注意要先加药剂，然后再加入助剂，并将其搅拌均匀；将配好的母液倒入喷雾器中，加足水量后进行均匀喷雾即可。注意事项：使用时禁止多次喷施，以免引发药害；多余的药液不要集中喷在农田的一处地方，要分散喷施在田块中。

水分：一般需控制含水量为40-55%。空气：需保持通风，有利于微生物活动，可以通过翻堆、压实等增加通风面积。温度：在腐熟时环境温度以25℃以上为佳，温度较低时腐熟较慢。碳氮比：需保持在25：1较佳，PH值以7.5较适宜，PH值较低时可加入石灰、草木灰等碱性物质进行调节。

有机肥如果是自制、自用，则不需要办理生产许可证，如果是企业生产用来销售就需要办理生产许可证。办理生产许可证时需要有营业执照，以及与所生产产品相对应的专业技术人员、生产条件和检验检疫手段、技术文件和工艺文件等才能成功办理。

有机肥能为植物提供生长所需要的无机盐，还能为植物生命活动提供二氧化碳。有机肥主要来源于植物和动物，是由动植物废弃物、植物残体等加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，能促进微生物繁殖，改善土壤肥力。