以生物有机肥为例，它可以和微生物复合肥（一般指复合微生物肥料）一起使用。施用复合微生物肥料和生物有机肥不但能提高土壤的肥力、改善土壤的结构、减少农作物的水分蒸发量，还可以抑制土壤出现返盐的现象。

复合肥不是有机肥料。复合肥是指含有2种或者2种以上营养元素的化肥，它不但具有养分的含量较高、副成分较少、物理性状好等优点，并且对于提高肥料的利用率、促进农作物实现高产、稳产有着十分重要的作用；有机肥是用动植物的残体或人畜的粪便制成的，常见的有粪肥、作物的秸秆、菜籽饼、棉籽饼、豆饼等。

定义不同：复合肥指养分含量为两种或超过两种的化肥，缓释肥指在生物或化学作用下可分解的有机氮化合物，有机肥指来源于动植物，可为植物提供养分的含碳物料。

养分不同：复合肥的主要养分是氮磷钾，缓释肥的主要养分是氮、氧化钾、氧化镁，有机肥的主要养分是氮磷钾、肽类、有机酸。

定义不同：有机肥是指主要来源于动植物，使用后能为植物提供营养的含碳物料，无机肥是指化肥，它是用化学方法和物理方法制成的含有1种或数种养分的肥料。

原料不同：有机肥主要来自生物物质、植物残体、动植物废弃物，无机肥主要来自矿物质、其他非生命物质。

养分不同：有机肥含有氮、磷、钾、肽类及有机酸，无机肥通常只含有部分氮磷钾元素。

有机肥可以为植物提供无机物，比如无机盐。有机肥的类型比较多，一般常用的有机肥为菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼、各类桔秆、动植物的残体、人畜的粪便等。

施用有机肥的效果一般要比无机肥好，但具体要怎么施用是要根据农作物的类型和生长状况来决定的，不能盲目施用一种肥料。有机肥的类型较多，常被使用的有机肥为菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、茶籽饼、各类作物的桔秆、动植物的残体以及人畜的粪便等。

有机肥需要被微生物分解成无机盐才能够被植物所吸收。有机肥的作用：改善土壤的理化状况和生物特性，增强土壤的保肥、供肥能力和缓冲能力；提高农作物的产量和品质，提高肥料的利用率等。

有机肥的EC值代表它的可溶性盐的浓度。EC值除了可以用来测量溶液中的可溶性盐的浓度之外，还能够用来测量液体肥料或者种植介质中的可溶性离子的浓度，它的单位一般用mS/cm或mmhos/cm来表示。

有机肥发酵剂的使用方法比较简单，一般只要将其洒在主料和辅料上并混合均匀即可。有机肥发酵剂也被称为有机物料腐熟剂，它能够分解蛋白质、纤维素、半纤维素、木质素，而在适宜的条件下还能迅速地将堆料中的碳、氮、磷、钾、硫等元素分解矿化，并形成简单的有机物，从而将其进一步分解为能被农作物吸收的营养物质。

概念不同：有机肥指主要来源于动植物，使用后能为植物提供营养的含碳物料，菌肥也叫生物肥，是指通过微生物生命活动，使农作物得到特定的肥料效应的制品。

养分含量不同：有机肥含有大量的养分，比如有机酸、肽类、氮、磷、钾等元素，菌肥只含有大量的微生物，不含营养元素。

作用不同：有机肥可增加土壤中的有机质含量，改善土壤的理化性质，菌肥可为作物创造合适的生长环境。

将粪便风干至含水量为30%-40%，然后将其与切碎的稻草等膨松物按照100：10的比例混合，注意每100千克重量中要加入1千克催熟粉，并且要充分拌匀；将混合好的肥料堆积成高度为1.5-2.0米的肥堆，当堆积10天后进行第1次翻混，再经过10天后进行第2次翻混，最后再等待3-5天左右即可。

菌肥不能代替有机肥，因为有机肥除了可以疏松土壤之外，它还含有氮、磷、钾等中微量元素，如果用菌肥去代替有机肥，其肥力的持久性肯定会有所下降。菌肥也被称为生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂，它含有较多的营养成分，还含有大量的对植物有益的微生物菌，施入土壤后能够起到改良土壤、防治病害等效果。