定义不同：微生物菌剂是指目标微生物经过繁殖后，利用多孔物质吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂，生物有机肥是指特定微生物与经过无害化处理和腐熟的有机物料复合而成的兼具微生物肥、有机肥效应的肥料。

特点不同：微生物菌剂本身不含养分，它通过微生物的代谢活动促进化肥、有机肥的释放，生物有机肥养分齐全，富含有机质，可提供多种营养。

微生物菌剂属于一种带活菌体的辅助性肥料。微生物菌剂中含有特定的活体微生物，其进行生命活动能促进植物营养元素的吸收和利用，少数菌体还能释放生长激素，并抑制有害微生物的形成。

定义不同：微生物菌剂是指微生物经过扩繁后吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂，有机肥是指主要来源于植物或动物，施入土壤中能提供养分的含碳物料。

特点不同：微生物菌剂不含养分，本身是微生物的载体，使用后通过微生物的代谢活动促进土壤养分的释放，有机肥本身含有大量的有益物质，比如氮、磷、钾、有机酸等。

微生物菌剂是吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂，多用于拌种或蘸根，能直接或者间接的改良土壤、恢复地力、预防土传病害发生，还可以维持根际微生物区系平衡、降解有毒害物质，适量使用后能提高作物产量，改善作物品质。

微生物菌剂冻了（受冻）没有效果。微生物菌剂一般在土壤中温度为18-25℃时生命活动活跃，温度升高时，生物菌活动会随着加剧，但温度过高时会失去活性；温度降低时生物菌活动会随着减弱，在土壤中温度低于5℃时活动微弱，甚至开始进入休眠状态。

枯草芽孢杆菌：能增加作物的抗逆性和固氮巨大芽孢杆菌。能解磷细菌：具有降解土壤中有机磷的功效。地衣芽孢杆菌：有抗病、杀灭有害菌的功效。侧孢芽孢杆菌：能促进植物根系生长，增强根系吸收能力。

微生物菌剂不能喷雾（喷施）。微生物菌肥一般可以用于拌种、浸种、蘸根、做底肥和追肥使用，可以沟施或穴施，其中拌种是较为简便、有效、经济的方式，可以将固体菌剂加清水调成糊状，或者用液体菌剂加水稀释，然后与种子搅拌，晾干后播种，再覆一层土。

冲施肥的使用方法比较简单，一般只要将肥料直接随水冲施即可，也可以先用水将肥料稀释到一定的倍数，然后再将肥液均匀地施入到事先挖好的土沟或土穴内即可。冲施肥通常是对农作物进行追肥时才使用，它一般被广泛用于大棚种植和露地种植的蔬菜上，由于其肥效较快，所以近年来使用冲施肥的农户也比较多。

生产微生物菌剂不需要生产许可证，但是需要办理肥料登记证等证件和手续。微生物菌剂是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产、扩繁等流程后，再利用多孔的物质作为吸附剂（比如草炭、蛭石）来吸附菌体的发酵液，最后将其经过加工而制成的一种活菌制剂。

微生物菌剂的氮、磷、钾含量一般为25%以下，因为当这几种元素的含量过高时微生物菌会难以存活，或者至少会难以达到复合微生物肥料行业标准（0.2亿/克）所要求的活菌指标。

微生物菌剂中含有氮、磷、钾，并且氮、磷、钾的含量一般为25%以下。微生物菌剂按剂型分类一般可分为液体、粉剂、颗粒型；按含有的微生物的种类或功能特性则可以分为根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等。

重量为1斤半的微生物菌剂一般可以兑水300-500公斤左右，待其溶解后浇于作物的根部即可。微生物菌剂的亩用量一般为5公斤左右，其使用的间隔时间为10-15天，若在整个农作物的生长期使用3-4次则一般会有明显的增产效果。