菌肥和复合肥混施需随混随施，复合肥的用量不能大于菌肥。菌肥和复合肥一般不混施较好，复合肥属于无机盐类化肥，与菌肥混用会导致菌肥中微生物周围盐浓度过高，会造成菌种生理性失水而死亡，而且有小部分复合肥还会产生氨气，会将有益菌杀死。

微生物菌肥可以改良土壤和减少化学肥料的使用，促进作物的生长，还有助于让土壤重返自然状态，让土壤的PH值平衡至作物需要的程度。同时能提高土壤的保水、保肥、抗寒能力，使土壤迅速形成有益菌群增强作物的抗病能力，阻止病原菌入侵。还能增加土壤中的有机质，减少植物的病虫害。

生物肥和菌肥没有区别，它们同为一种肥料，只是叫法有所差异。

在狭义上，生物肥是指通过微生物生命活动、使农作物得到特定肥料效应的制品，它本身不含营养元素，因此不能替代化肥。

在广义上，生物肥是指既含有作物所需的营养元素、又含有微生物的制品，它是生物、有机、无机的结合体，可以替代化肥。

生物肥和菌肥是同一种肥料。菌肥又称生物肥、生物肥料、细菌肥料等，其中含有有机质、氮、磷、钾等营养成分，同时还含有大量的有益微生物菌，菌种能在土壤中繁殖，能改良土壤，增强作物抗病虫害能力。

菌肥：又称微生物肥料，是指含有有机肥、氮、磷、钾等作物生长所需要的营养成分，以及含有大量有益微生物菌的肥料，种类较多，目前可分为复合微生物肥料、生物有机肥、农用微生物菌剂。菌剂：又称农用微生物菌剂，是一种经工业化生产扩繁，或用于培养物载体吸附所形成的活体制品，是菌肥的一大种类，属于辅助性肥料。

菌肥不能和杀菌剂混用。菌肥中含有大量的有益微生物菌，而杀菌剂是可以杀死细菌、真菌和藻类的化学制剂，混用后杀菌剂会将菌肥中的有益菌杀死，导致菌肥失去肥效。如果需要使用杀菌剂，可以先施用菌肥，等至48小时之后再使用杀菌剂。

菌肥不能和杀虫剂混用。菌肥中含有大量的有益微生物菌，在与杀虫菌混用后，会将菌肥中的菌种杀死，导致肥料失效。除此之外，菌肥还不能和杀菌剂、杀虫剂、除草剂、含硫的化肥等混用。

菌肥颗粒型和粉剂型只要是合规的、肥效较好的，两者并无差别，都是好菌肥。菌肥在《生物有机肥》执行标准中规定，粉剂产品要求松散、无恶臭味，颗粒产品要求无明显机械杂质，大小需菌剂，无腐败味。

菌肥具有促进果实根系生长，加强果树抗病虫害能力，促进果实养分的吸收，增加果实的产量等作用；菌肥可以在果树春季和秋季时，进行穴施或者冲施，每亩用量约300千克，还能与复合肥混合开沟施于土壤中，能提高肥料的利用率。

菌肥和尿素一般情况下不能混合，但如果菌肥是采用休眠菌型态，在耐高、低温条件，且能抗不良的化学环境下产出，就能与尿素混合，因为这种技术将菌肥加以保护，使菌肥不受外界不良环境的侵害，混合后不会破坏菌种。

菌肥长毛了不能用。菌肥在正常存储的过程中并不会长毛，而长毛的菌肥是因为在高温、高湿的环境下，其中没有完全腐熟的有机肥产生大量有害真菌造成，或者是菌肥本身含有大量杂菌造成。这类菌肥一般都没有添加任何的功能细菌，而且还有可能水分超标，使用后会造成烧苗、烧根等现象发生。

菌肥不长白毛好。菌肥在正常贮存的情况下并不会长毛，一般长毛的都是因为杂菌较多或者没有发酵彻底的有机肥，在高温湿润的环境下产生了大量的有害真菌造成，这类菌肥很可能水分超标，且施用后还会有烧苗的危险。