菌肥怕太阳晒。菌肥中含有大量的活性微生物菌，而太阳光线中的紫外线有杀菌作用，会将微生物菌杀死，所以菌肥需采用土埋的方式使用，而且在保存时需用不透明的袋子或者纸袋密封保存，以免微生物菌的活性降低。

菌肥在按照说明书正确的使用下，就不会造成烧苗，但市面上菌肥产品质量参差不齐，如果是使用了成分较差的菌肥，就会造成烧苗，需谨慎购买。菌肥一般可以在翻地、蘸盘、定植、苗期这几个阶段使用，可以与腐熟的农家肥一起施用，能提高肥料的利用率。

菌肥在合理的使用下不会烧根，但市面上菌肥产品质量相差较大，如果是选用了含有未腐熟有机质的菌肥，使用后有机质会发酵产生高温，就会造成烧根，或者使用了假冒伪劣的菌肥，其中不含菌种，只有尿素等氮肥，使用后也会造成烧根。

菌肥可以和氮肥混用。菌肥与氮肥混用后能使菌肥中的有益微生物分解一些难以分解的成分，促进植物更好的吸收，但在混用时需注意氮肥浓度不能太大，用量也不能过多，以免影响微生物的活性。

菌肥不能和硫酸钾混用。菌肥中含有大量有益微生物菌，而硫酸钾是属于含硫化肥，混用后会影响微生物的生命活动，严重时会杀死微生物。一般在施用时可以先施入菌肥，等至48小时之后再施用硫酸钾肥料，能有效防止微生物受到影响。

菌肥与杀虫药不能混用。菌肥中含有大量的有益微生物菌，而杀虫药会将有益微生物杀死，导致肥料没有效果，除此之外，菌肥还不能和杀菌剂、除草剂、含硫的化肥、稻草灰等混合使用。

菌肥能抗重茬。一般黄瓜、番茄等作物重茬后会出现减产、根部病害、作物生长缓慢等现象，而菌肥可以快速的在作物根系、体内以及土壤中大量繁殖，能有效的阻止和干扰植物病原微生物在作物上的侵染，从而达到抑菌和防病的效果。

菌肥“有机质70”是指该菌肥中有机质的含量为70%。菌肥中含有大量的有益微生物菌，以及有机肥、氮、磷、钾等作物生长所需要的养分，其中有机质是微生物的载体和能源，还具有保水性，也是水肥的载体，能促进土壤团粒结构的形成。

菌肥中所含有的菌群种类较多，一般在市场上常见的有枯草芽孢杆菌、复合芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌+乳酸菌+酵母菌、光合菌+枯草芽孢杆菌这4种，施入后菌群能快速繁殖壮大，促进根系生长。

土壤改良剂包括微生物接种剂、复合微生物肥料和生物无机肥这3种，微生物接种剂的标准为GB20287-2006，复合微生物肥料的标准为NY/T798-2004，生物无机肥的标准为NY884-2012，分别可以在国家食品伙伴网上查出。

应选择在晴天无风的下午（3点之后）进行喷施；喷施后的12小时内如果遇雨，应在放晴后补喷；光合微肥可以和酸性、中性农药混施，但忌与石硫合剂、代森锰锌混用；光合微肥在久置的情况下会出现结块、沉淀等现象，但不会影响其效果，将其摇匀后即可使用。

定义不同：微肥是指能提供微量元素的肥料，化肥是指用化学和物理方法制成的含有一种或多种营养元素的肥料。

来源不同：微肥大多是从矿物、冶金的副产物以及废料中提取，化肥主要来源于矿物质，经物理或化学方法加工而成。

包含性不同：微肥是化肥的一个种类，化肥包括常量元素肥料、微量元素肥料。