有机肥是在一定的条件下，通过微生物的作用使其含有的有机物不断地被降解和稳定，最后经过高温灭菌而生产出来的。有机肥也被称为“农家肥”，它一般是以各种动物和植物的残体或代谢物等物质为原料来制作的，比如家畜的粪便、作物的秸秆等。

有机肥的种类较多，一般可以分为农业废弃物有机肥（比如秸秆、豆粕和棉粕等）、畜禽粪便有机肥（如鸡粪、牛粪、羊粪等）、工业废弃物有机肥（如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣等）、生活垃圾有机肥（如餐厨垃圾等）、城市污泥有机肥（如河道淤泥、下水道淤泥等）这几种。

准备适量的鸡蛋壳、骨粉、豆腐渣、水果皮，或者是鸡、猪、羊等禽畜的粪便，然后将其堆积在积肥场地（有条件的可以洒上一些发酵液），堆积的高度以1.5-2米为宜；向肥堆中洒上适量的水，以保持湿润，然后用泥土将肥堆封好，经过6个月左右待其完全发酵后即可制成。

能够制作有机肥的材料有：人畜的粪便、作物的秸秆、动植物的残体、屠宰场中的废弃物、河道和下水道的淤泥、厨余垃圾等。使用有机肥不但能改良土壤的性质和提高作物的品质，而且能提高作物的抗病害、抗虫害的能力，同时还促进作物对化肥的吸收。

有机肥是为农作物施肥时而使用的一种肥料，它的作用有：改善土壤的理化状况以及生物特性，增加土壤的保肥能力、供肥能力以及缓冲能力；提升作物的产量和质量，提高作物对其它肥料的利用率等。

微生物菌剂可以与复合肥混用，但前提是复合肥含有的氮磷钾等元素的浓度不能过高。微生物菌剂中的有效菌能够分解土壤中的有机质，同时有机质在被分解的过程中会生成腐殖酸，而腐殖酸能与土壤中的氮元素形成腐殖酸铵，它能够减少氮元素的流失。

微生物菌剂不能和氮、磷、钾含量过高的复合肥一起混用，因为高浓度的复合肥会影响到微生物菌剂里面的有效菌的活性。微生物菌剂具有直接或间接改良土壤、恢复地力以及降解有害的物质等作用，农用的微生物菌剂在合理使用的情况下还可以提高农作物的产量和改善农作物的品质。

微生物菌剂和复合肥复配（混用）的比例一般为3：2或者1：2。微生物菌剂能有效地改善农产品的品质，施用了微生物菌剂的农作物其果实中的糖分、维生素、氨基酸等有益成份的含量一般都有明显的提高，并且色泽也会更加亮丽。

在农田中开挖出一些深度适宜的沟，然后将微生物菌剂施入沟底，并覆盖一层土壤，此时再将复合肥施于微生物菌剂的上层即可。注意事项：施肥后的15天之内不要灌水，以免复合肥中的氮元素在分解的时候影响到生物菌的活性。

微生物菌剂不能和硫酸钾复合肥一起混用。将微生物菌剂和硫酸钾复合肥一起混用会影响到有益菌的活性，建议分开撒施，比如可以先在土壤上挖出一个坑，然后将复合肥施入进去并覆盖泥土，此时再将菌剂施于复合肥的上层，这样通过分层的方式来施肥会比较适宜。

微生物菌剂不可以杀线虫。微生物菌剂是一种含有活菌的肥料，能提高土壤中的养分含量，减少作物的病虫害发生率，但不能杀线虫，一般线虫可以使用克百威、灭线磷等杀虫剂进行杀灭。

微生物菌剂一般是在闷棚后使用，闷棚时在高温和药物的处理下，土壤中的有益菌也会被杀死，需及时补充才能减少后期种植作物出现病害的几率。因此，闷棚后可以在土壤中撒入微生物菌剂，再翻耕一次土，或者在定植时用菌剂灌根。