咯菌腈主要防治小麦腥黑穗病、雪腐病、雪霉病、纹枯病、根腐病、全蚀病、颖枯病、秆黑粉病;棉花立枯病、红腐病、炭疽病、黑根病、种子腐烂病;大豆花生立枯病、根腐病;大麦条纹病、网斑病、坚黑穗病;玉米青枯病、茎基腐病、猝倒病;水稻恶苗病、胡麻叶斑病、早期叶瘟病、立枯病;油菜黑斑病、黑胫病等。
咯菌腈兼具杀菌和抑菌作用,杀菌机制为干扰并破坏病菌的生物氧化和生物合成过程,破坏病菌细胞膜上的疏水链,氧化溶解病菌生命活动的主要物质,破坏核酸与蛋白质的合成,抑菌机制为通过抑制葡萄糖磷酰化有关的转移来阻止真菌菌丝体的生长,使其逐渐死亡。
咯菌腈可用来拌种、喷雾、灌根,对于多种作物发生的灰霉病、菌核病、立枯病、根腐病、枯萎病、蔓枯病具有防治效果。